Գրաւոր աղբիւրները, հնագիտական նիւթերը եւ պատմա-մշակութային յուշարձանները հաստատում են, որ 12-13րդ դ.դ. Շուշին (խօսքը ամրոցի պարիսպներից ներս սարահարթի մասին է), եղել է բնակեցուած:
Շուշին (իբրեւ ամրոց, բերդ) յայտնի է գերազանցապէս պարսկական եւ թուրքական նուաճողների դէմ մղուած հայ ազգային ազատագրական շարժումների վերելքի եւ հիւսիսային լեռնական ցեղերի ասպատակութիւններին դիմագրաւելու ժամանակաշրջանից (18րդ դարի սկզբից):
Ղարաբաղի հինգ մելիքութիւններից իւրաքանչիւրն ունէր իր պաշտպանական գլխաւոր ամրութիւնը, որը յայտնի է «սղնախ» անունով: «Սղնախ անել» նշանակում է բնական կամ արհեստական բերդում ամրանալ: Արցախի հայերը թշնամիների ասպատակութիւններից պաշտպանւում էին անմատչելի լեռներում ու քարանձաւներում եւ որոշ ժամանակ այնտեղ էլ հոգում էին իրենց կարիքները:
Վարանդայի Մելիք-Շահնազարեանների «սղնախ»ը Շօշն էր:
Շօշի՝ որպէս բերդի պատմութիւնը, վկայուած ու հաստատուած է հաւաստի աղբիւրներով: Այն սկսւում է Աւան հարիւրապետից, թէեւ իբրեւ ամրոց այն գոյութիւն է ունեցել մինչ այդ: Աւան հարիւրապետը Շօշում հաստատուել է 1717թ.: Բերդի շինարարութիւնն ու վերակառուցումն աւարտուել է 1724թ.:
Շուշի քաղաքի հայկական թաղերից մէկը մինչ քաղաքի կործանումը կոչւում էր Գեաւուր Ղալին թաղ՝ անհաւատի (իմա՝ քրիստոնեայի) բերդի թաղ. այս հանգամանքը վկայում է նախկինում այդ թաղում բերդի գոյութեան մասին:
Ազգութեամբ թուրք, «սարաջալի» քոչուոր ցեղի ցեղապետ Փանահ Ալին՝ Փանահ խանը Մելիք-Շահնազար Բ.ից «նուէր» է ստացել Շօշը ոչ թէ իբրեւ անբնակ, ամայի մի սարահարթ, այլ ռազմավարական կարեւոր նշանակութիւն
ունեցող պաշտպանական բնակավայր: Փանահ Ալին գիտակցել է բնակավայրի նախկին բերդ-ամրոցի նշանակութիւնը եւ Մելիք-Շահնազարի խորհուրդներով ու հայ շինարար վարպետների միջոցով հայ շինարարական արուեստի սկզբունքներով վերակառուցել եւ աւելի է ամրացրել այն: Շինարարական աշխատանքները աւարտուել են 1752թ.:
Շօշ բնակավայրը շրջապատող բերդապարիսպի երկարութիւնը 2,5կմ. է, պարիսպի բարձրութիւնը՝ 78մ., ընդմիջարկուած բուրգերով: Պարիսպը սկսւում է բնակավայրի արեւմտեան բարձունքի ստորոտից, հասնում արեւելեան կողմի ժայռերը, հարաւային կողմն ամբողջովին, իսկ արեւմտեանն ու արեւելեանը մասամբ պաշտպանուած են անմատչելի ժայռերով: Բերդն ունեցել է երկու գլխաւոր եւ երկու սովորական մուտքեր՝ դարպասներ: Գլխաւորներից մէկը՝ հարաւ-արեւմտեանը կոչուել է Երեւանեան, երկրոդը, հիւսիս-արեւելեանը սկզբում կոչուել է æրաբերդի, յետագայում վերանուանուել Եղիսաբեթպոլիսեան: Հետիոտնի համար նախատեսուած փոքր դարպասներից հարաւայինը կոչուել է Ամարասի, արեւելեանը՝ Մխիթարաշէնի:
Շուշին իր պաշտպանական նշանակութիւնը սպառեց 1830ական թուականներին:
«Շօշ» բառը Արցախի բարբառում նշանակում է ծառի այն նորաբոյս ճիւղը, որն ամենաբարձրն է բոլոր մնացածներից («շօշ տօ շմալ» արտայայտութիւնը): Իր ֆիզիկա-աշխարհագրական վեր խոյացած բարձրադիր, իշխող դիրքով Շօշը (յետագայում՝ Շուշին) աչքի է ընկնում իրէն շրջապատող լեռնապարի մէջ եւ «շօշ»ի նմանութիւնն ակնյայտ է: Նկատի ունենանք, որ Ղարաբաղի (եւ ոչ միայն) տեղանունների զգալի մասն առաջացել է ըստ տեղավայրի աշխարհագրական միջավայրի, տեղի, դիրքի եւ այլ ֆիզիկական յատկանիշների. Առաջաձոր, Քոլատակ, Գետաշէն, æրակուս, Սպիտակշէն, Սարուշէն, Կանաչ թալա, Մեծ շէն եւ այլն:
«Շօշ-Շուշի» անուան ստուգաբանութեան շուրջ տարակարծութիւնները շարունակւում են ցայսօր: Ակնյայտ է թուրքերէն «շուշա»՝ ապակի, հայելի շինծու ստուգաբանութեան անհեթեթութիւնը, անտրաբանութիւնը, ամէն գնով սեփական լեզուին յարմարեցնելու ցանկութիւնը:
«Շօշ»ի «Շուշի» փոխակերպուելը կատարուել է գրական լեզուի ազդեցութեամբ: Ղարաբաղի բարբառում «ո-ու» հնչիւնափոխութիւնն օրինաչափ երեւոյթ է. թոթ-թութ, տոն-տուն, շոն-շուն եւ այլն:
Շօշ-Շուշին վերանուանուեց Փանահաբադ անունով, սակայն ինչպէս ինքը՝ Փանահը, այնպէս էլ անուանումը, օտար ու խորթ լինելով, չընդունուեցին Արցախում, նոյնիսկ Փանահի հաւատակիցների կողմից:
18րդ դարի կէսին Փանահ խանի Շուշիում հաստատուելուց յետոյ պարսից շահերը մի շարք մանր ու մեծ արշաւանքներ են ձեռնարկել դէպի Արցախ՝ Շուշին գրաւելու եւ Փանահ խանին Պարսկաստանին հպատակեցնելու նպատակով:
1761թ. Ուրմիայի Ֆաթալի խանը Շուշին գրաւելու նպատակով արշաւեց Ղարաբաղ: Սակայն նրա բանակը չկարողացաւ նոյնիսկ մօտենալ բերդաքաղաքին:
1796թ. Օգոստոսին պարսից շահ Աղա-Մամադ խան Կաջարը 50 հազարանոց զօրաբանակով պաշարեց Շուշին: Փանահ խանին յաջորդած Իբրահիմ խանին միացան Մելիք-Շահնազարեանը, Մելիք-æումշուդն ու Մելիք Բեգլարեանը, Մելիք-Աբովը եւ միասնական ուժերով պաշտպանեցին բերդաքաղաքը: Պաշարումը տեւեց 33 օր, վերջացաւ անյաջողութեամբ: Երկիրն էլ աւերուեց ու ամայացաւ:
1797թ. Աղա-Մամադ խան Կաջարը կրկին պաշարեց Շուշին: Այս անգամ բերդաքաղաքը չէր պաշտպանւում. Իբրահիմ խանը փախել էր Դաղստան, հայոց մելիքները զինական ուժ չունէին, Արցախում սով էր ու ժանտախտ: Աղա Մամադ Կաջարը Շուշիում մնաց 25 օր, չորս կողմը սփռելով սպանութիւն, բռնութիւն, կիրառելով ահաւոր դաժան պատիժներ Իբրահիմ խանի կուսակիցների նկատմամբ: Աղա Մամադ Կաջարը սպանուեց իր ծառայողներից մէկի ձեռքով, որը, ըստ աւանդութեան, մահմեդականացած հայ էր:
1826թ. Յուլիսին, երբ Շուշին արդէն գտնւում էր Ռուսական կայսրութեան իրաւասութեան ներքոյ, պարսից թագաժառանգ Աբաս-Միրզան 60 (որոշ աղբիւրների համաձայն՝ 80) հազար զօրքով պաշարում է Շուշի բերդը: Փոքրաթիւ ռուսական կայազօրը, 1700 զինուոր, փոխգնդապետ Ռէուտի հրամանատարութեամբ, բերդում գտնուող տեղի բնակիչների, շրջակայ գիւղերից Շուշիում ապաստանած հայ գիւղացիների ամենալայն աջակցութեամբ ու օգնութեամբ կազմակերպում է Շուշիի պաշտպանութիւնը: Աբաս-Միրզային չի յաջողւում քաղաքը գրաւել: Պաշարումը տեւում է 48 օր:
1826թ. Սեպտեմբերի 13ին Շամխորի մօտ տեղի ունեցած ճակատամարտը, որում հայ գեներալ Վ. Մադաթովի հրամանատարութեամբ ռուսական զօրքը փայլուն յաղթանակ տարաւ, նպաստեց Շուշին պաշարումից ազատելուն եւ Աբաս Միրզայի Պարսկաստան վերադառնալուն: